Особенности исчисления и уплаты в бюджет НДС при осуществлении операций в соответствии с договором доверительного управления имуществом установлены ст. 174.1 НК РФ.

Согласно подпункту 12 п. 2 ст. 149 НК РФ не облагается НДС (освобождается от налогообложения) реализация на территории Российской Федерации долей в уставном (складочном) капитале организаций, паев в паевых фондах кооперативов и ПИФ, ценных бумаг и инструментов срочных сделок (включая форвардные, фьючерсные контракты, опционы).

Не облагается НДС также реализация ценных бумаг по договору доверительного управления.

Услуги доверительного управляющего, депозитария, реестродержателя, организатора торгов облагаются НДС в общеустановленном порядке. В соответствии со ст. 170 НК РФ НДС по таким услугам включается в стоимость вышеуказанных услуг.

Операции, не подлежащие налогообложению, отражаются в разделе 9 декларации по НДС.

По операциям с ценными бумагами, совершаемыми в рамках договора доверительного управления, раздел 9 декларации по НДС заполняется налогоплательщиком, которым является доверительный управляющий.

Осуществление операций с ценными бумагами по договору доверительного управления (в отличие от договора с брокером) не приводит к необходимости ведения раздельного учета «входного» НДС у учредителя управления .