Однако, как показывает практика, иногда налоговые органы считают неправомерным уменьшение налогооблагаемой прибыли на суммы таможенных пошлин. Например, по одному из споров сотрудники налогового органа заявили, что поскольку таможенная пошлина является одним из видов таможенных платежей и устанавливается таможенным законодательством, то нельзя считать, что она относится к налогам, начисленным в установленном законодательством Российской Федерации о налогах и сборах порядке.

Однако суд решил, что данная позиция ответчика приводила к ограничительному толкованию подпункта 1 п. 1 ст. 264 НК РФ и к искажению действительного смысла и значения анализируемой нормы НК РФ. Арбитражный суд отметил, что согласно подпункту 1 п. 1 ст. 264 НК РФ к прочим расходам, связанным с производством и реализацией, относятся в том числе суммы налогов и сборов, начисленные в установленном законодательством Российской Федерации о налогах и сборах порядке, за исключением перечисленных в ст. 270 Кодекса. Таможенная пошлина не поименована в ст. 270 НК РФ.

В итоге арбитражный суд признал правомерным уменьшение налогооблагаемой прибыли на сумму таможенных платежей. Позиция суда приведена в постановлении ФАС Московского округа от 30.08.2007, 04.09.2007 № КА-А40/8745-07 по делу № А40-73749/06-142-492. Аналогичный подход к решению рассматриваемого вопроса отражен в постановлении ФАС Московского округа от 22.05.2006 № КА-А41/4376-06 по делу № А41-К2-14500/05.