Согласно письму Минфина России от 10.05.2006 № 03-03-04/1/427 «О вопросе учета в целях налогообложения прибыли комиссии в виде процента от суммы непогашенного кредита, уплаченного банку за обслуживание открытой кредитной линии» в соответствии с подпунктом 25 п. 1 ст. 264 НК РФ в состав прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией, относятся в том числе расходы на оплату услуг банков. В составе расходов на оплату услуг банков может быть учтена, в частности, сумма комиссии, взимаемой банком за совершение операций.

В то же время если комиссия за проведение операций по ссудному счету установлена в процентах от суммы непогашенного кредита, данная комиссия должна включаться для целей налогообложения прибыли в состав расходов в виде процентов по кредиту в порядке, установленном ст. 269 НК РФ. На основании подпункта 2 п. 1 ст. 265 НК РФ вышеуказанные суммы учитываются в составе внереализационных расходов.

В соответствии с п. 8 ст. 272 НК РФ по договорам займа и иным аналогичным договорам, срок действия которых приходится более чем на один отчетный период, для целей налогообложения прибыли расход признается осуществленным и включается в состав соответствующих расходов на конец соответствующего отчетного (налогового) периода.